1895 年台灣歸屬於日本。來台灣的日本人當中有一批正教徒。其中有三位專門的傳道員。1896 年 1 月日本基督正教徒邀請了台灣人來認識基督正教會並一起慶祝神誕節。那一年台灣人開始受洗成爲基督正教會的成員。

那時日本基督正教會隸屬於俄羅斯正教會，一位大聖人尼古拉當日本教區的主教。聖尼古拉聽到了台灣正教會的組成和發展的訊息，並感覺到了台灣需要更多傳道士、神職人員和教堂。

1901 年 9 月聖尼古拉答應了台灣的基督正教徒們的請求：他派遣了西滿神父到台灣以成立教堂。西滿神父把很多教會書和聖像帶到台灣來，並且在台北成立了固定的舉行神聖禮儀之地當作教堂。本教堂之名稱為 “台北基督正教會”。西滿神父也在台中和台灣的其它城市傳道並舉行禮儀：撒種基督正教信仰的種子。在普世教會的制度上，從其開始台灣基督正教會是俄羅斯正教會部分。要等到台灣教會興盛成熟後，才能成爲完全自主的地方教會。俄羅斯教會把基督正信仰帶到台灣並建立了教堂並 100 多年之久繼續培養台灣教會，如此台灣教會把俄羅斯教會稱爲其 “母親教會”。

1911 年 8 月份聖尼古拉召開俄羅斯正教會主教會議。此會議決定派一位神父當作台北教堂的本堂神父。此賦予台灣正教會在整個普世正教會内更穩定的地位和更高的權利，它變成的普遍所承認的地方教會單位。

第二次世界大戰時，台北基督正教會之活動變成沒有規律性。俄羅斯和日本神職人員無法常常在台灣舉行禮儀。

然而 1949 年一批俄羅斯正教信徒經過中國大陸來台灣，他們很積極的開始重建教會並要求神職人員來台灣舉行禮儀。

1957 年俄羅斯的尼古拉（Bekish）主教祝福在台北重新開教堂。此教堂以聖使約翰施洗者之名被祝聖。主教也常親自來台灣舉行禮儀並支持信徒們。蔣夫人也常來此教堂祈禱。教堂的位置是在松江路。

1980 年代一些熱情的信徒們離開了台灣，台北教堂的禮儀少了。信徒們繼續在家裏祈禱、偶爾聚會以共同祈禱。此堂區區長仍然和幾位信徒們仍然居住在台北和台灣南部。

1999 年 Dionisiy 神父跟另一位俄羅斯正教會的代表一起來台灣了解台灣正教會的狀況，並發現了一批俄羅斯和前蘇聯來的基督正教信徒們迫切需要正教會的禮儀和聚會所。兩位代表們向俄羅斯正教會牧首報告此需要。然而因經濟困難此議題滿以發展。而 Dionisiy 神父仍然開始每兩年來台灣舉行禮儀、支持信徒們並推動傳道活動。

2004 年時一批俄羅斯正教會的傳道士神學生來台灣就學並支持台灣正教徒們的信仰。其中兩位傳道士（愛西里爾神父和王西滿公讀士）2012 年時被任命正式重建台灣基督正教會。

2005 年伊拉利翁（Alfeyev）主教來台灣監督台灣正教會狀況並發現了重建教會的需要。

莫斯科牧首座三次派了檢查團以準備台灣基督正教會的重建。2012 年 9 月 16 日莫斯科及全羅斯牧首命令在台北重建台灣基督正教會，並派了愛西里爾神父負責此任務。

2013 年 2 月台灣基督正教徒在台北召開了成立台北堂區的成立大會。此大會決定重建 1901 年所建立的《台北基督救世主正教堂》。如此在台北新開的教堂成爲台灣第一個基督正教教堂的復活。2013 年 9 月台北基督救世主教堂慶祝其建立 112 周年和其重建一周年大典禮。

2013 年 3 月台灣基督正教會在台中建立祈禱堂。2013 年 6 月在台南也建立一所祈禱堂。每個一兩個月愛神父和其助手在新竹、高雄和宜蘭舉行禮儀並舉辦傳道活動。